Yersinia İçin Yeni Tanımlama Yöntemi Geliştirildi

Fransa’daki Pasteur Enstitüsü’ndeki araştırmacılar, Yersinia suşlarının sınıflandırılması ve tanımlanması ve patojenite tahmini için genomik bir analiz yöntemi geliştirdi.

Yersinia cinsi, hastalığa neden olup olmadıkları gibi kriterler ile ayırt edilen bir dizi bakteri kapsar. Enterobacteriaceae ailesinin bir parçasıdır ve 19 tür içerir. Gıda kaynaklı patojenler Yersinia enterocolitica ve Yersinia pseudotuberculosis, gıda ile bulaşan bir hastalık olan enterik yersinyoza neden olur. Yersinia enterocolitica gibi türlerin içindeki suşlar da patojenik özelliklere göre değişir.

Dünya Çapında Gıda Profesyonelleri ile Tartışma ve Tanışma Platformu Olan Food Science and Technology Desk Hizmetinizde.
Sitemizi desteklemek için tıklayın…

Yersinia enterocolitica, Salmonella ve Campylobacter’dan sonra ılıman ve soğuk ülkelerde bakteri ishalinin üçüncü büyük nedenidir. Enfeksiyonları çoğunlukla izole vakalarda görülür veya küçük grupları etkiler.

Suşlar nasıl tanımlandı?

Suşlar bazen hassas olmayan biyokimyasal yöntemler kullanılarak tanımlanır. Atipik reaksiyonlar durumunda yanlış tanımlamaya yol açan metabolik reaksiyonlar Yersinia suşu için hataya sebep olabilir.

Tüm Yersinia türlerine uygulanabilecek bir strateji, fenotipik tanımlamanın zaman alıcı, yoğun emek harcanması ve yanlış tanımlara yol açabileceği için faydalı olacaktır. Matris destekli lazer desorpsiyon iyonizasyonu-uçuş kütle spektrometrisinin süresi (MALDI-TOF MS) de tam olarak güvenilir değildir.

Patojenite Yersinia suşları arasında farklılık gösterdiğinden, doğru tanımlama önemlidir. Daha etkin hasta takibi sağlar ve halk sağlığı girişimlerini yönlendirir. Güvenli gıdaya giden yolda da çok önemlidir.

Doğal ve Güvenilir Gıda’nın adresi Zahirepazari.com sayesinde Eve Misafir Çağırmak Çok Kolay

Pasteur Institute’un Biyolojik Çeşitlilik ve Hesaplamalı Biyoloji Bölümünde  Biyoinformatik ve Biyoistatistik Merkezi ile Bakteriyel Patojenler Birimi Epidemiyolojisi, Yersinia cinsinin çekirdek genom çoklu odak dizilimi tiplemeye (cgSTST) dayanan türlerini tanımlayan genom tabanlı bir yöntem geliştirdi. . Çalışma Microbial Genomics dergisinde yayınlandı .

Yöntemin performansı, Fransız Ulusal Gözetim Sistemi tarafından toplanan 1.843 izolatta değerlendirildi ve fenotipik referans yöntemleri kullanılarak paralel olarak analiz edildi, türlerde yüzde 98.4’lük anlaşma ve infra-spesifik – biyotip ve serotip seviyelerinde anlaşma sağlandı. 29 izolat için, hatalı fenotipik tespitler ise atipik biyokimyasal özelliklerden veya fenotipik çözünürlük eksikliğinden kaynaklanmaktadır.

Teknik salgın tespitinde yardımcı olabilir

Her suş için Yersinia genomundaki sayısız gen dizisini taradığımızda, her bakterinin kendine özgü genetik profile sahip olduğunu fark edildi. Asında bu metot genetik profilinin bir tür standart barkoda dönüştürülmesini içeriyor.

Yöntemi Yersinia cinsine uygulayarak, bazıları yeni türler ortaya çıkaran 3.000’den fazla barkod tanımlandı.

Çalışma, tüm laboratuvarların kodları tanımasını sağlayan standart bir dile yol açtı. Tüm dünyadaki laboratuvarların kendi genomik sekanslarını kullanarak Yersinia suşlarını tanımlamasına olanak tanıyan bir barkod veya genomik profil veritabanına ve bunlarla ilişkili tanımlama ayrıntılarına halka erişim izni verildi .




Temel genomik profillerin ve ilgili barkodların sınırsız paylaşılması, suşlar arasındaki genetik ilişkilerin araştırılmasına, salgınların tespitine olanak tanıyacaktır. Ayrıca, suşların çevre, hayvanlar, gıda ve insanlar arasında nasıl iletildiğinin anlaşılmasını geliştirmeye yardımcı olacaktır.

Otomatik bir sınıflandırma algoritması kullanarak, her genomik profil türüne ve genetik soyuna bağlıdır.

Yersinia suşlarının genetik profilleri ile karşılaştırılması, yeni ve daha önce bilinmeyen birkaç tür içeren beklenmedik bir biyolojik çeşitlilik seviyesi ortaya çıkarmıştır. Suşlar artık genomik profillerine dayanarak son derece güvenilir bir şekilde tanımlanabilmektedir.

Belki de gelecekte bir barkod okuyucu sistemine benzer bir sistemle gıdaların içinde neler olup bittiğini öğrenebileceğiz.


Kaynaklar:

MicrobiologyResearch.org
Bigsdb.Pasteur.Fr
FoodSafetyNews.com